ทะเลทรายมีเชื้อราหลากหลายชนิด อาณานิคมของเชื้อราทะเลทรายบางประเภทสามารถมีชีวิตอยู่ได้นับล้านปีโดยยืดเยื้อกระบวนการพัฒนา คนอื่น ๆ สร้างความสัมพันธ์ทางชีวภาพกับสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ เพื่อความอยู่รอด เชื้อราทะเลทรายสามารถนอนเฉยๆในดินทะเลทรายจนถูกรบกวนจากนั้นโจมตีด้วยสปอร์ที่เป็นพิษซึ่งทำให้เกิดการเจ็บป่วยที่รุนแรง เชื้อราทะเลทรายบางชนิดสามารถระบายสีผืนผ้าใบทะเลทรายด้วยสีที่สดใส
ทะเลทรายเป็นที่อยู่อาศัยของเชื้อราชนิดต่าง ๆไลเคน
ไลเคนหรือที่รู้จักกันในนาม "พืชผู้บุกเบิก" เป็นสิ่งมีชีวิตขนาดเล็กที่สามารถทนต่อสภาพแวดล้อมที่ร้อนจัดและเย็นจัดและความแห้งแล้ง ร่างกายของตะไคร่หรือแทลลัสประกอบด้วยสาหร่ายและเชื้อราที่เติบโตร่วมกันในความสัมพันธ์ทางชีวภาพ เซลล์สาหร่ายให้สารอาหารสำหรับเชื้อราและเชื้อราจะป้องกันสาหร่ายจากสภาพบรรยากาศ
ไลเคนสามารถเติบโตได้บนพื้นผิวที่ผิดปกติเช่นทรายหินดินกระดูกสัตว์และโลหะที่เป็นสนิม ไลเคนเติบโตเป็นหลายสีเช่นเฉดสีแดงส้มเหลืองเขียวและน้ำตาล เชื้อรามากกว่าหนึ่งโหลสามารถเติบโตได้บนก้อนหินก้อนเดียว
เป็นที่รู้กันว่ามีไลเคนประมาณ 15,000 ชนิด ไลเคนบางชนิดเช่นไลเคนเปลือกโลก (crustlike fungus) สามารถอยู่ได้หลายร้อยหรือหลายพันปีเพราะมีอัตราการเติบโตที่ช้า ไลเคน Crustose สามารถพัฒนาบนหินได้ ไลเคนบางชนิดใกล้สูญพันธุ์เนื่องจากอากาศที่มีการปนเปื้อนและน้ำฝนสามารถทำลายเซลล์สาหร่ายฆ่าพันธมิตรเชื้อรา
Mycorrhizae
Mycorrhizae เป็นระบบของเชื้อราที่พัฒนาความสัมพันธ์ทางชีวภาพกับรากพืช รากให้สารอาหารที่จำเป็นและเว็บไซต์สำหรับเชื้อราที่จะแนบหัวข้อของพวกเขา เชื้อราป้องกันพืชจากการถูกทำร้ายเช่นโรคและหัวข้อของพวกเขาทำงานเป็นระบบรากเพื่อช่วยให้พืชได้รับน้ำและสารอาหารเพิ่มเติม เมื่อมีการพัฒนาความสัมพันธ์พืชจะขึ้นอยู่กับ Mycorrhizae เมื่อสารอาหารถูกหยุด
Mycorrhizae แบ่งออกเป็นสองประเภท - ectomycorrhizae และ Endomycorrhizae Ectomycorrhizae สร้างสิ่งปกคลุมรอบรากของพืช ผ้าคลุมจะเจริญเติบโต hyphae (องค์ประกอบที่เป็นเกลียวของร่างกายของเชื้อรา) ลงในรากแล้วลงไปในดิน เส้นด้าย Endomycorrhizae เจริญเติบโตในเซลล์และจากนั้นลงไปในดิน เชื้อราช่วยเพิ่มความต้านทานภัยแล้งภูมิคุ้มกันโรคและการดูดซึมสารอาหารสำหรับพืชที่เป็นโฮสต์
เห็ด
Podaxis หรือแผงคอขนปุยทะเลทรายพบทะเลทรายโซโนราและทะเลทรายอื่น ๆ ทั่วโลก Podaxis เกี่ยวข้องกับครอบครัวเชื้อรา Agaricaceae เชื้อราคล้ายกับพัฟบอล มันเป็นไม้และเป็นเส้น ๆ ลำตัวของ Podaxis ที่ได้รับผลกระทบมาจากดินทะเลทรายดินทรายและริมถนนหลังจากฤดูฝน อย่างไรก็ตามหากฝนไม่มาร่างกายที่ติดผลจะไม่ปรากฏ Pileus (หมวก) จะปิดในระหว่างกระบวนการพัฒนาเพื่อปกป้องเนื้อเยื่อที่อุดมสมบูรณ์เหงือกและสปอร์ผนังสองชั้นไม่ให้แห้ง
Coccidioides
สกุล Coccidioides เป็นราดินประกอบด้วยสองสายพันธุ์ - Coccidioides immitis และ Coccidioides posadasii ทั้งสองชนิดนี้พบในดินทะเลทรายของอเมริกาเหนือและใต้ แต่ละสปีชีส์สร้างเส้นใยและสปอร์ในดิน เมื่อดินที่มีสปอร์ถูกมนุษย์รบกวนหรือถูกทำร้ายตามธรรมชาติเช่นพายุฝุ่นสปอร์จะกลายเป็นอากาศ การสูดดมสปอร์อาจทำให้เกิดการติดเชื้อของเชื้อราที่ไม่ใช่โรคติดต่อที่เรียกว่า Coccidiodomycosis หรือไข้วัลเลย์ ในบางกรณีถ้าสปอร์จำนวนมากจากทั้งสองเผ่าพันธุ์ถูกสูดดมมันอาจเป็นอันตรายถึงชีวิตได้
