แม่น้ำมิสซิสซิปปีเป็นบ้านของพืชน้ำและสัตว์หลากหลายชนิดในระบบนิเวศที่เชื่อมโยงถึงกันอย่างซับซ้อน พืชน้ำให้อาหารและที่พักพิงแก่สัตว์น้ำหลายชนิดในแม่น้ำและอาจมีขนาดเล็กเท่ากับสาหร่ายเซลล์เดียว แม่น้ำมิสซิสซิปปีเป็นสัตว์ที่มีตั้งแต่สัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังไปจนถึงปลากบและสัตว์อื่น ๆ
สาหร่ายก่อให้เกิดแผ่นสีเขียวและสามารถเปลี่ยนสีน้ำตะไคร่น้ำ
ตามที่กรมทรัพยากรธรรมชาติไอโอวาระบุว่าแม่น้ำมิสซิสซิปปีเป็นเจ้าภาพของสาหร่ายสองชนิดคือสีเขียวและสีน้ำเงินแกมเขียว สาหร่ายสีเขียวเป็นองค์ประกอบทางชีวภาพพื้นฐานของระบบนิเวศที่แข็งแรง พวกเขาสร้างอาณานิคมขนาดใหญ่ที่สามารถให้น้ำหล่อสีเขียว สาหร่ายสีน้ำเงินแกมเขียวเป็นที่ต้องการน้อยกว่าและถือว่าเป็นสาหร่ายที่น่ารำคาญ พวกมันเกี่ยวข้องกับระบบนิเวศที่เครียดและอาจทำให้เกิดรสชาติที่ไม่พึงประสงค์ในปลาหรือฆ่าประชากรทั้งหมด
แหน
พืชลอยน้ำฟรีที่พบได้ทั่วไปนี้มีใบเล็ก ๆ และรากที่ห้อยอยู่ในน้ำเพื่อดูดสารอาหาร ตามที่ระบุโดยชื่อแหนเป็นแหล่งอาหารที่สำคัญสำหรับนกน้ำหลายชนิด
บัว
ดอกบัวสีขาวเป็นสถานที่พบได้ทั่วไปในแม่น้ำมิสซิสซิปปีและประกอบด้วยใบไม้ที่มีขนาดใหญ่และลอยอยู่ในเนื้อหนัง พวกเขาผลิตดอกไม้สีขาวขนาดใหญ่ด้านบนของใบและถูกฝังอยู่ในโคลนด้านล่าง
กั้ง
เรียกอีกอย่างว่ากุ้งน้ำจืดหรือกุ้งน้ำเค็มกุ้งเหล่านี้มีลักษณะคล้ายกุ้งก้ามกราม พวกมันคือตัวกินก้นก้นและกินหัวเชื้อจากสัตว์อื่น ๆ ซากสัตว์และสัตว์เล็ก ๆ กุ้งเครฟิชทั้งแบบดั้งเดิมและที่อาศัยอยู่ในแม่น้ำมิสซิสซิปปี
ปลาดุก
ปลาดุกแชนแนลเป็นสิ่งที่พบเห็นได้ทั่วไปในแม่น้ำมิสซิสซิปปี เป็นปลาดุกชนิดต่าง ๆ มากที่สุด ปลาเหล่านี้สามารถเติบโตเป็นขนาดที่น่าประหลาดใจและยึดติดกับก้นแม่น้ำเป็นหลัก พวกมันน่าทึ่งสำหรับแนวโน้มที่จะโจมตีเหยื่อหลายชนิด แต่พวกเขาควรกินน้อยมากเนื่องจากอันตรายจากการปนเปื้อน PCB (polychlorinated biphenyl)
เสือดาวกบ
กบที่พบเห็นเหล่านี้เรียกว่ากบทุ่งหญ้า พวกเขาอาศัยอยู่ในและรอบ ๆ แม่น้ำมิสซิสซิปปี พวกเขามักจะทำหน้าที่เป็นตัวบ่งชี้สภาพแวดล้อมเนื่องจากความไวต่อมลพิษและสารปนเปื้อน พวกเขาใช้เวลาส่วนใหญ่ตามริมลำธารและแหล่งน้ำอื่น ๆ และกินแมลงสัตว์ขาปล้องและสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังอื่น ๆ
